Grotesque, monster-monster seperti Godzilla disebut "Kaijuu" telah bermunculan di Jepang sejak beberapa tahun silam. Untuk menanggulangi monster-monster ini, pasukan militer elit disebut Defense Corps mempertaruhkan nyawa mereka untuk melindungi warga sipil. Setelah seekor Kaijuu dibunuh, "penyapu", yang bekerja di bawah Perusahaan Pembersih Kaijuu Profesional, harus membersihkan sisa-sisa bangkainya. Kafka Hibino, seorang pria 32 tahun, tidak merasa puas dengan pekerjaannya sebagai penyapu.
Sejak usia muda, dia selalu teraspirasi untuk bergabung dengan Defense Corps dan membunuh Kaijuu sebagai pendapatannya. Setelah banyak kegagalan, dia menyerah dan menerima nasibnya dengan pendapatan yang cukup baginya. Di waktu yang sama, seorang anggota penyapu berusia 18 tahun bernama Leno Ichikawa yang baru bergabung mengingatkan Kafka akan keinginannya bergabung dengan militer. Setelah serangkaian kejadian tak mengenakkan yang Kafka hadapi dengan juniornya, dia bertemu dengan Kaijuu parasit yang masuk ke dalam tubuhnya dan mengubah dirinya menjadi monster setengah manusia. Dengan kekuatan barunya, Kafka berusaha mengejar impiannya lagi untuk terakhir kalinya.
